De in Argentinië geboren Horacio Pagani begint reeds in 1988 met de voorbereidingen voor het bouwen van zijn eigen droomauto. Hij werkte destijds bij
Lamborghini. Pagani wordt bij zijn ontwerp geïnspireerd door familievriend en coureur Juan Manuel Fangio en de brute Groep C-racers uit de jaren tachtig. De sportwagen zal als eerbetoon aan de voormalig kampioen Fangio F1 gaan heten. Fangio zorgt ook voor de nodige contacten met
Mercedes-Benz.
In de tussentijd overlijdt Fangio en Pagani besloot uit respect, de auto om te dopen in Zonda, naar een wind die in de Andes waait. In 1999 was het zover en stal de Pagani Zonda C12 de show op de Salon van Genève. De nieuwe sportwagen wordt aangedreven door een
Mercedes V12 motor: de klant heeft daarbij keuze uit een 6,0-liter met 394 pk (C12) en een 7,0-liter met 550 pk van AMG (C12S). Nadat eerst een 5-bak standaard was, worden alle versies nu geleverd met een 6-bak.
De Zonda beschikt over een monocoque met daaraan frontsectie en achterzijde met motor en transmissie gekoppeld. De C12S beschikt over een aërodynamisch geoptimaliseerde carrosserie met langere neus en een speciale achterspoiler. Vanaf 2003 krijgen alle uitvoeringen de beschikking over een sterkere 7,3-liter V12 van AMG met vermogens van 555 (Zonda S 7.3 en Roadster) tot 602 pk (Zonda F). De Zonda accelereert daarmee in minder dan 4 seconden naar de 100 km/h; de top ligt rond de 340 km/h. Van 200 km/h naar stilstand duurt slechts 4,4 seconden.
